Deutsche Grammatik

Oder wenn es denn sein muss:

Protokoll der Besprechung vom 11.11.2006 (Genitiv)

Die von dir genannten Präp.

sind sicher auch beide möglich, klingen meiner Meinung nach aber recht holprig; dabei gefiele mir 'über' dann auch besser als 'aus'.

Protokoll passt für meinen Geschmack am besten.

Das Wort Niederschrift habe ich zwar schon gehört, erscheint mir aber ziemlich veraltet.

Ein Vermerk ist eine Notiz am Rande, aber kein komplettes Protokoll.