1.) Das mit dem R ist wirklich so ein Zwischending.
2.) U spricht man schon recht oft aus, nur bei bestimmten Kombinationen halt nicht -> Vokalschwund (google?) (Eisch-te-ru - na, wo ist das I? ^^)
3.) Dass du J überhaupt hast verdankst du nur einer dummen Transskriptionsmethode, schreib es ruhig als Z, dann weißt du immer, dass du es auf jeden Fall anders aussprechen musst =)
4.) Es wird mit U verlängert, siehe Toukyou. Mit O gibt es aber auch Wörter, Ooki z. B. das kommt immer aufs Wort an, in der Regel aber U oder -.
5.) Zwei I sind zwei I .. Verlängerung sonst mit -. Aber was du vielleicht meinst mit E ist EI wie in Kirei was dann aber sowas wie ein langes E ist.
