Meines Wissens nach lässt sich dieses -li- in der Mitte mit dem deutschen "ist" übersetzen, hat aber dazu noch die schöne sprachliche Eigenschaft, den Relativ mit abzubilden.
Wörtlich übersetzt käme dann raus: ...lililo (die (Papai) - ist - welche) kubwa mno (sehr groß bzw. die größte) oder - wie von dir übersetzt - Gib mir die größte Papaya..
Diese Konstruktion findet man relativ häufig (falls andere Erfahrungen, bitte widersprechen!) in Zeitungen und geschriebenem Swahili.
--> Hier kommt tofauti aus der N-Klasse (daher i), danach dann das -li- und Relativpronomen von N-Klasse (yo) mit einem angehängten -po der Ortsklasse.
Es ist meines Erachtens nach kein Unterschied, ob man iliyopo oder iliyo sagt, aber auf jeden Fall eine schönere Konstruktion als "Kuna tofauti kati ya X na Y..."