"Während des Laufens des Motors" => in diesem Fall ist "während" eine Präposition, die korrekterweise den Genitiv verlangt.
"Während der Motor läuft" => in diesem Fall handelt es sich bei "während" um eine Subjunktion, eine Einleitung für einen Gliedsatz. Es gibt daher keinen vorgegebenen Casus, der zu folgen hätte.
EDIT: Dient "während" als Einleitung eines Gliedsatzes, folgt automatisch das Subjekt dieses Satzes und daher automatisch der Nominativ.
